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【清朝前建置】呼伦贝尔地区最初见诸史籍的民族为东胡。东胡与匈奴同时兴起于战国末期（公元前3世纪），至汉初（公元前206年）东胡被匈奴冒顿单于击败，部众逃散，其中主要的两支分别逃至乌桓山和鲜卑山，从此便以乌桓族和鲜卑族出现于史册。东胡被匈奴击破后，呼伦贝尔为匈奴左贤王辖地。此时，作为东胡族系的鲜卑拓跋部早已游猎于大鲜卑山（大兴安岭东北段），以鲜卑拓跋部始祖石室（今鄂伦春旗境内嘎仙洞）为中心，并形成自己的部落群和部落联盟。公元1世纪末，匈奴衰落，鲜卑拓跋部从大兴安岭密林深处向南迁徙，在以呼伦湖为中心的草原地带发展游牧经济，壮大自己，呼伦贝尔成为鲜卑部落联盟的驻牧之地。

三国、两晋时期，大兴安岭东西皆为鲜卑人的辖区和势力范围。

北朝时期（公元386年至581年），大兴安岭以东分布着乌洛侯等室韦诸部。中央王朝对呼伦贝尔地区的治理，应当说从北魏时期开始。那个时期经济发展较快，已经开始向文明时代过渡的乌洛侯人在太平真君4年（公元443年）就归属于北魏王朝，而且正是根据他们的报告，北魏朝廷才派中书侍郎李敞到“祖庙石室”祭祖，并在石室刻有“祝文”（该“祝文”由呼伦贝尔盟文物所米文平等人于1980年7月30日发现）。

隋朝时，突厥逐步衰落，东北部的室韦、靺鞨各民族尚未形成强大的实力与之抗衡，他们也都被中原地区的古老文明和隋朝的强大所吸引。于是，派人员朝贡，请求册封。隋朝随即在边远地区设立羁縻府、州予以管理。呼伦贝尔地区为室韦民族领地。此时，室韦曾派使臣两次朝贡。室韦酋长于大业年间曾随同突厥启民可汗在现呼和浩特北部的启民牙帐中拜见了隋炀帝。室韦分为5个部落，即北室韦、南室韦、钵室韦、大室韦、深末怛室韦。根河流域生活着深末怛室韦部落。

唐时期，在室韦地区设室韦都督府，并任命少数民族部落首领为都督。室韦分为20余部，居住额尔古纳河沿岸者为西室韦、大室韦、蒙兀室韦。蒙兀室韦，生活在大兴安岭北麓、额尔古纳河下游以东地区，即主要游牧于今额尔古纳市、根河市境内。唐朝廷在东北设立“平卢节度使”，以军事实力控制局势，边疆稳定，经济得以发展。此时，室韦诸部与唐朝关系更加密切。今嫩江流域及大兴安岭内外均纳入唐朝版图。

7—8世纪，大兴安岭以西地区曾先后被突厥人和回纥人占领过，为突厥汗国和回纥东部边地。9世纪末和10世纪初，岭西地区逐渐成为乌古敌烈及塔塔儿人的驻地，岭东地区成为契丹人的势力范围。

辽朝（907—1125年），是中国五代十国和宋朝时期以契丹族为主体建立，统治中国北部的封建王朝。辽朝原名契丹，后改称“辽”。公元907年，辽太祖耶律阿保机统一契丹各部称汗，=国号“契丹”，918年定都临潢府（今内蒙古赤峰市巴林左旗南波罗城）。936年南下中原，攻灭五代=后晋后改国号为“大辽”。983年改为“契丹”，1066年改为“大辽”。辽朝全盛时期疆域东到日本海，西至阿尔泰山，北到额尔古纳河、大兴安岭一带，南到河北省南部的白沟河。契丹族本是游牧民族，辽朝皇帝使农牧业共同发展繁荣，各得其所，建立独特的、比较完整的管理体制。辽朝将重心放在民族发扬地，开创出两院制的政治体制。并且创造契丹文字，保存自己的文化。此外，吸收渤海国、五代、北宋、=西夏及西域各国的文化，有效地促进辽朝政治、经济和文化各个方面发展。大兴安岭岭东地区归上京道东北路招讨司管辖，岭西归乌古敌烈统军司管辖。

金代，岭东归蒲与路管辖，岭西地区归东北路招讨司所辖。

公元1214年，成吉思汗统一蒙古草原后，岭西大弟弟拙赤·哈萨尔和二弟合赤温·额勒赤、三弟贴木哥·斡赤斤及德薛禅家族的封地；岭东地区后来也逐渐成为贴木哥·斡赤斤的封地。黑山头镇古城遗址即拙赤·哈萨尔故都。

元代初期，呼伦贝尔地区仍为诸王封地。1288年至乃颜、哈丹叛乱平定后，诸王封地纳入行省，岭东地区划入中书行省泰宁路、辽阳行省山北辽东路和黑水府达达路，岭西地区划入岭北行省和林路。

明朝建立后，北元（蒙古汗国）退守蒙古草原，并以察哈尔部为宗主部继续统治蒙古草原，呼伦贝尔为北元东境。1439—1454年，迁徙到呼伦贝尔的为蒙古族阿鲁科尔沁、四子、乌拉特、茂明安四部。大兴安岭东麓为阿鲁科尔沁部牧地，其余三部牧地在大兴安岭以西直至尼布楚的广阔草原上。十五世纪初，明朝在边境地区设置都司、卫所和属部进行控制。呼伦贝尔地区由奴尔干都司下设的一些卫所管辖。岭东由布尔哈卫、阿伦卫等管辖，岭西由斡难河卫、坚河卫、哈刺孩卫及海刺儿千户所管辖，根河地区坚河卫所辖。

1616年，后金建立。1630年和1633年，居住在呼伦贝尔地区的阿鲁科尔沁、乌拉特、四子、茂明安部先后归服后金。1635年前后，按照后金政权的指令，生活在岭西地区的乌拉特、四子、茂明安三部陆续向西南迁移至乌兰察布草原，阿鲁科尔沁部前往今赤峰市。

【清朝建置】顺治年间（1644—1661年），沙俄军队入侵中国黑龙江流域的广大地区，世代居住在那里的达斡尔、鄂温克、鄂伦春等族人民被迫迁至黑龙江南岸的嫩江流域居住。他们在诺敏河、阿伦河、音河、雅鲁河、绰尔河、济沁河流域从事简单农业和渔猎生产。为了加强管理，康熙年间，清政府将达斡尔人编为3个“扎兰”，将鄂温克人编为5个“阿巴”，直属清中央政府藩院。

康熙二十八年（1689年），清政府在嫩江西岸宜卧奇后屯设立布特哈总管衙门，设副都统总管。《中俄尼布楚议界条约》签订，确定额尔古纳河东岸属中国，西岸属俄国。

康熙三十年（1691年），分设索伦总管、达斡尔总管，副都统总管管辖两部。此外，还设满洲总管，掌关防。

雍正五年（1727年），沿额尔古纳河设置18座卡伦，管理边务和内政。

雍正九年（1731年），清政府在布特哈地区原有3个扎兰、5个阿巴的基础上，组建布特哈八旗。

雍正十年（1732年），清政府从布特哈八旗抽调索伦（鄂温克）、达斡尔、鄂伦春、巴尔虎兵丁约3000人以及老弱余丁700余人，迁驻呼伦贝尔草原，编为索伦左、右两翼八旗。左翼四旗驻牧于通往俄罗斯的道路和边境一带，右翼四旗驻牧于哈拉哈河及蒙古边界一带。额鲁特蒙古族一部100名兵丁，由阿尔泰山一带迁来，先后驻牧于哈拉哈河和锡尼河以南、伊敏河以东地区，自成一翼，编为一旗。同时于雍正年间设呼伦贝尔副都统府，由清政府统领管辖。

光绪三十四年（1908年），设吉拉林设治局，管理境内行政、边务事宜，1912年废。

【民国建置】1920年，设室韦县和奇乾设治局。

1921年，奇乾设治局改奇乾县。

1930年，室韦县府由吉拉林迁至河坞（今苏沁乡）。

1932年12月，“满洲国”民政部将室韦、奇乾二县划归伪兴安北省管辖。

1933年1月1日，“满洲国”取消室韦县和奇乾县，改为办事处。同年7月12日，将原室韦县境划为额尔古纳左翼旗（习称东额旗），旗公署设于奈勒穆图（今三河镇）；将原奇乾县境划为额尔古纳右翼旗（习称西额旗），旗公署设于吉儒穆图（今奇乾乡）。

1945年8月9日，伪满政权垮台。8月10日，前苏联红军进驻三河街并成立了维持会。

1946年，经呼伦贝尔自治政府批准，成立了额尔古纳左翼旗公署和额尔古纳右翼旗公署。

1947年11月，中国共产党派呼伦贝尔工作团进驻三河街。

1948年2月16日，经内蒙古自治政府批准，将额尔古纳左、右翼两旗合并为额尔古纳旗。旗政府设在三河街（今额尔古纳市三河镇）。

【中华人民共和国成立前后建制】随着大兴安岭林区开发，根河镇、好里堡镇、得耳布尔镇、金河镇、牛耳河镇于1955—1959年相继成立，1961年8月以前由喜桂图旗代管。1961年8月，额尔古纳旗政府迁至根河镇，接收了原喜桂图旗代管的根河、好里堡、得耳布尔、金河、牛耳河5个镇和阿龙山、满归2个地区。

1966年4月1日，国务院批准撤销额尔古纳旗，设额尔古纳右旗和额尔古纳左旗。额尔古纳左旗政府设在根河镇。

1969年8月1日，额尔古纳左旗随同呼伦贝尔盟划入黑龙江省。1979年7月1日，额尔古纳左旗又划归内蒙古自治区。

1994年4月28日，国务院批准撤销额尔古纳左旗，设立根河市。

行政区划： 

1966年，额尔古纳左旗建立后，管辖根河镇、好里堡镇、得耳布尔镇、金河镇、牛耳河镇和满归鄂温克族乡。

    1968年，建阿龙山镇、满归镇，满归镇与满归鄂温克族乡合一。

    1973年，满归镇与敖鲁古雅鄂温克族乡分设，敖鲁古雅鄂温克族乡政府迁至距满归镇区北部17.5公里处的敖鲁古雅。

    1994年4月28日，成立根河市，行政区划仍为原额尔古纳左旗行政区划。根河市下设好里堡镇、得耳布尔镇、金河镇、牛耳河镇、阿龙山镇、满归镇、敖鲁古雅鄂温克族乡和中央路街道办事处、河西街道办事处、森工路街道办事处。乡镇、街道办事处辖112个居民委员会，811个居民小组。

    2001年6月6日，撤销根河市牛耳河镇，牛耳河镇职能整体并入金河镇，划并后金河镇土地面积5353平方公里。根河市下设5个镇1个乡3个办事处。                 

    2003年2月8日，变更根河市街道办事处行政区划面积及名称。河西街道办事处辖区面积由原3.2平方公里，调整为2.4平方公里；原中央路街道办事处更名为河东街道办事处，辖区面积由1.98平方公里调整为2.0平方公里；原森工路街道办事处更名为森工街道办事处，辖区面积由5.0平方公里调整为5.8平方公里。

    2003年12月29日，根河市敖鲁古雅鄂温克族乡生态移民工程完成，根据自治区民政厅{内民政批(2003)65号}文件批复，将敖鲁古雅鄂温克族乡整体向南迁至三车间(距根河市区3公里处)，原行政区域面积1096平方公里划归满归镇，满归镇总面积变为3072.81平方公里。好里堡镇南部1767.2平方公里土地并入迁址后敖鲁古雅鄂温克族乡，作为新乡址的行政区划面积。好里堡镇（含市区）面积调整为4563.76平方公里。敖乡行政区划界线为：北以好里堡镇、得耳布尔镇、金河镇三镇界线交汇点静岭以西（东经121°14′25″，北纬51°02′20″）为起点，静岭以南（东经120°42′35″，北纬50°24′50″）为全线终点。

    2006年5月23日，根河市进行乡镇机构改革，将好里堡镇、得耳布尔镇分别变更为好里堡街道办事处、得耳布尔街道办事处。机构改革后，全市辖3镇1乡和5个街道办事处，分别是金河镇、阿龙山镇、满归镇、敖鲁古雅鄂温克族乡、好里堡办事处、得耳布尔办事处、河东办事处、河西办事处、森工办事处。

    2011年6月15日，根据自治区政府{内政字(2011)144号}文件批复，恢复得耳布尔镇，恢复后全市辖4镇1乡4个街道办事处，分别是金河镇，阿龙山镇，满归镇，得耳布尔镇，敖鲁古雅鄂温克族乡、好里堡办事处、河东办事处、河西办事处、森工办事处。